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平成２１年４月改定関係Ｑ＆Ａ（Vol.1）
（問１００）入退院や転棟を繰り返している場合の短期集中リハビリテーション実施加算の算定はどうなるのか。
（答）
同一の老人保健施設や介護療養型医療施設に再入所（院）した場合、退所（院）日から３ヶ月経過していなければ再算定できない。ただし、別の施設・医療機関等に入所（院）した場合は、この限りではない。
なお、
① 短期集中リハビリテーション実施加算の算定途中に別の医療機関に入院したため、退所（院）となった後に同一の施設に再入所した場合、再入所時には、短期集中リハビリテーション実施加算を算定すべきだった３ヶ月の残りの期間については、短期集中リハビリテーション実施加算を再算定することができる。
② 短期集中リハ算定途中又は終了後３ヶ月に満たない期間に４週間以上の入院後に同一の施設に再入所した場合であって、短期集中リハビリテーションの必要性が認められる者に限り、短期集中リハビリテーション実施加算を再度算定することができる。
https://www.gifu-gh.jp/document/image/dl_0903q&a.pdf

「別の施設・医療機関等に入所（院）した場合は、この限りではない」と例外となる条件が入所または入院した場合、となっています。
今回のケースは在宅に退所して受診後の再入所となりますので、上記の例外となる条件からは外れていますので、残りの期間の短期集中リハビリを算定することはできないと思います。