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すぽんじさんこんにちは。
まずは、仕組みをしっかりと理解しましょう。
主に施設基準について監査が行われる「適時調査」は、5年に1回ほど実施されると言われており（※）、避けては通れないものです。よく、毎年行われる（いわゆる）医療監視と混同してしまう方が多く見られますが、医療監視は正しくは、医療法第25条第一項の規定に基づく「立ち入り検査（保健所など）」であり、医療法に基づいた安全管理体制や感染対策、個人情報保護法、放射線機器の取り扱いといった、医療機関の設備・管理の維持を目的に点検が行われます。
※医療課長通知上は「原則として年1回、（編注：届出の）受理後6か月以内を目途」

一方、適時調査とは、診療報酬支払に関わる種々の施設基準の届出に対し、要件に則って適切に実施されているか否かをチェックする調査となっています。したがって、入院基本料などの基本診療料から、医学管理・検査・処置・手術などの特掲診療料まで、すべての施設基準において、届出要項と異なるところがないか、その運用と適切な人員配置、従事者の確認が行われます。基本的には、診療報酬算定（レセプト）と診療実態の整合性について問われるものではないので、診療録を提出する必要性はないのですが、実際は、診療の手順や様式の確認といった調査の流れの中で、電子カルテを適時調査の会場に配置することを求められることが一般的です。

よって、適時調査と医療監視（いわゆる監査等）はまったく性質の異なるものです。

簡単に言うと、適時調査とは、種々の施設基準の届出に対し、要件に則って適切に実施されているか否かを確認するだけです。
リハビリの要件は守られているか、人員は？　単位は？みたいな感じです。それがレセプトと合致しているかなど確認されます。
あくまでもただの調査ですので、疑いの目で見られたりはされません。実に建設的に進みます。

一方いわゆる監査は、内容について細かく矛盾は違反がないかをチェックします。要はある程度疑いを持って精査します。
かなり突っ込まれることもあります。時にカマをかけられることも・・・

いずれにしろ、日々の業務をきちんと正しく行っていればまったく問題はありません。毅然とした態度で臨んでください。
できれば、事前にDrと事務部、リハビリ部でしっかりと確認をしておくことをお勧め致します。