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脳血管疾患等リハビリテーションにおいて、厚生労働省が規定する患者の一部に多発性神経炎、多発性硬化症、末梢神経障害その他の神経疾患の患者と示されていますので、おそらく末梢神経障害その他の神経疾患に該当すると思われます。
また、「運動ニューロン」は疾患名ではないので、この診断名として正しいのかは疑問に思います。せめて、「運動ニューロン損傷の疑い」にすべきかと思います。

また、廃用症候群リハビリテーションの対象患者は、急性疾患等に伴う安静(治療の有無を問わない)による廃用症候群であって、一定程度以上の基本動作能力、応用動作能力、言語聴覚能力及び日常生活能力の低下を来しているものであるとされていますので、その状態であるか、否かについてはこのスレッドの文章では判断できません。

参考：脳血管疾患等リハビリテーションに規定する患者とは
https://www.pt-ot-st.net/contents4/medical-treatment-30/513

とおりすがり · Answer 2 · 2018-03-23 12:56:07

当院でも診断がつくまでの期間であってもリハ介入は行っています。その場合は、とりあえずの仮病名（疑い病名）で行いますが、最終的には確定病名で請求を行います。レセプト請求を疑い病名でだすことはありません。
疑い病名でしばらく運用するかどうかだけなのでそれは貴院でルールを決めることだと思います。